Development of nuclear, chloroplast and mitochondrial SNP markers for Khaya sp.

Pakull, Birte; Mader, Malte; Kersten, Birgit; Ekue, Marius, R.; Bouka Dipelet, Ulrich, G.; Paulini, Maike; Bouda, Zoéwindé, Henri-Noel; Degen, Bernd

doi:10.1007/s12686-016-0557-4

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Development of nuclear, chloroplast and mitochondrial SNP markers for Khaya sp.

Pakull, Birte ; Mader, Malte ; Kersten, Birgit ; Ekue, Marius Rodrigue Mensah ; Bouka Dipelet, Ulrich G.; Paulini, Maike; Bouda, Zoéwindé Henri-Noel; Degen, Bernd

100 SNP and one Indel markers were developed for Khaya using a combination of restriction associated DNA sequencing and low coverage MiSeq genome sequencing. The marker set was successfully used to genotype a set of 1919 individuals, representing 5 Khaya species from 18 African countries, using MassARRAY®iPLEX™ genotyping.

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Einordnung

Erschienen in:: Conservation genetics resources
Vol. 8, H. 3S. 293-297
Band:: 8
Heft:: 3
Datum der Veröffentlichung:: 2016
DOI:: 10.1007/s12686-016-0557-4
Sprache:: Englisch
Ressourcentyp:: Text
Schlagwörter:: Khaya; SNP; tropical tree; MassARRAY; iPLEX; genetic differentiation
DDC-Sachgruppe der DNB:: 630 Landwirtschaft, Veterinärmedizin
Einrichtung:: Thünen-Institut, Institut für Forstgenetik