Water eDNA metabarcoding: mifish primer dataset
In June 2019, the Thünen Institute conducted the WH429 research cruise with the aim of assessing marine biodiversity through environmental DNA (eDNA) analysis. During the expedition, eDNA samples were collected from various marine locations and subsequently processed for metabarcoding using the MiFish primers, which target a specific region of the mitochondrial 12S rRNA gene in fish. The resulting eDNA sequences were generated on the Illumina MiSeq platform, producing high-quality fastq files. This dataset provides critical metadata, including sequencing reads, quality scores, which are essential for studying the spatial and temporal patterns of fish diversity. The comprehensive eDNA dataset serves as a valuable resource for ecological and conservation research, enabling the identification of fish species and the monitoring of marine ecosystems with high resolution and accuracy.
Im Juni 2019 führte das Thünen-Institut die Forschungsfahrt WH429 mit dem Ziel durch, die marine Biodiversität durch Umwelt-DNA-Analysen (eDNA) zu bewerten. Während der Expedition wurden eDNA-Proben von verschiedenen marinen Standorten gesammelt und anschließend für die Metabarcodierung mit den MiFish-Primer verarbeitet, die auf eine bestimmte Region des mitochondrialen 12S rRNA-Gens in Fischen abzielen. Die daraus resultierenden eDNA-Sequenzen wurden auf der Illumina MiSeq-Plattform generiert, wobei hochwertige fastq-Dateien erzeugt wurden. Dieser Datensatz enthält wichtige Metadaten, darunter Sequenzierungslesezeichen, Qualitätsbewertungen und taxonomische Anmerkungen, die für die Untersuchung der räumlichen und zeitlichen Muster der Fischvielfalt unerlässlich sind. Der umfassende eDNA-Datensatz ist eine wertvolle Ressource für die Umwelt- und Naturschutzforschung und ermöglicht die Identifizierung von Fischarten und die Überwachung von Meeresökosystemen.
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