Dataset: Identifying environmental factors affecting the microbial community composition on outdoor structural timber
46 rotten timber parts were sampled in the City of Hamburg, Germany. From 50mg of wood dry weight we extracted DNA, PCR-amplified the fungal ITS2 region and partial bacterial 16S genes and investigated the microbial community composition through amplicon sequencing. Here we present the sequencing depth per sample, ASV tables and taxonomy tables for fungi and bacteria, which were generated with QIIME2.
Methodology: Next Generation Sequencing
46 verrottete Holzteile wurden in der Stadt Hamburg, Deutschland, beprobt. Wir extrahierten die DANN aus 50mg getrocknetem Holz, amplifizierten die pilzliche ITS2-Region und partielle bakterielle 16S-Gene mittels PCR und untersuchten die Zusammensetzung der mikrobiellen Gemeinschaft durch Amplikon-Sequenzierung. Hier präsentieren wir die unbearbeiteten Sequenzdaten, die mit einem Illumina MiSeq (paired end, 2x 300bp) generiert wurden.
Methode: Next Generation Sequencing
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