Microsatellite typing of Toxoplasma gondii isolates from Europe: harmonization through an interlaboratory comparison and its application to a large panel of European field samples to identify geographic relationships

Cardron, Garance

Master thesis Thu Sep 1 2022 CC BY-NC-ND 4.0

published

Microsatellite typing of Toxoplasma gondii isolates from Europe: harmonization through an interlaboratory comparison and its application to a large panel of European field samples to identify geographic relationships

English
French

Introduction: Toxoplasma gondii is a zoonotic protozoan parasite. It can infect all warm-blooded animals, including humans. It is estimated that almost one third of the human population is seropositive to T. gondii. The parasite has a clonal population structure in Europe, which can be assessed by microsatellite (MS) genotyping.
Objectives: This report aims to present the results of an interlaboratory comparison performed in Europe to harmonize T. gondii MS genotyping. In addition, MS typing was applied to a set of European field samples to assess the distribution of T. gondii genotypes in Europe, aiming also at the description of intra-genotype variability, especially within type II clonal lineage which prevails in Europe.
Methods: The interlaboratory comparison consisted of two parts, with two sets of samples sent to five European laboratories. The first focused on results obtained for 15 MS typing markers, including eight typing and seven fingerprinting markers, using various DNA dilutions of clonal type I, II and III strains. The second focused on the seven fingerprinting regions, used to assess genotypic variability within T. gondii type II. Finally, MS typing was applied to a set of European field samples.
Results: Results of the interlaboratory comparison reached a high level of agreement among participants. However, different results were found for particular MS regions. A questionnaire revealed laboratory-specific differences in the typing protocols. The outcome suggested a need to disseminate this information to the scientific community and to define a guideline. The analysis of 1396 European field samples submitted by collaborators revealed that the vast majority of T. gondii belonged to type II.
Conclusion: This report provides the base for the harmonization of T. gondii MS typing. In addition, it adds further knowledge on the genotypes of T. gondii circulating in Europe, in agreement with the previously published literature review.

Introduction : Toxoplasma gondii est un protozoaire zoonotique. Il peut infecter tous les animaux à sang-chaud, dont l’Homme. Un tiers de la population mondiale y serait séropositive. Le parasite a une structure clonale en Europe, aujourd’hui étudiée par le typage des microsatellites (MS).
Objectifs : Ce rapport vise à présenter les résultats d’un essai inter-laboratoires réalisé en Europe afin d’harmoniser le génotypage MS de T. gondii. Cette technique a été appliquée à un ensemble d’échantillons de terrain européens pour évaluer la distribution des génotypes de T. gondii en Europe pour décrire la variabilité intra-génotypique, en particulier au sein de la lignée clonale II, majoritaire en Europe.
Méthodes : L’essai inter-laboratoires s’est déroulé en deux parties, avec deux sets d’échantillons envoyés à cinq laboratoires européens. Le premier servait à étudier les résultats obtenus pour les 15 marqueurs MS, dont huit marqueurs de typage et sept de « fingerprinting », en utilisant plusieurs dilutions d’ADN de souches clonales de type I, II et III. Le second se concentrait sur les régions de « fingerprinting », utilisées pour étudier la variabilité intra-génotypique de la lignée II. Enfin, le typage MS a été appliqué à un ensemble d’échantillons européens.
Résultats : Les résultats de l’essai inter-laboratoires ont présenté un haut niveau d’accord entre les participants. Cependant, des résultats différents ont été observés pour certaines régions MS. Un questionnaire a révélé des différences laboratoires-spécifiques dans les protocoles de typage, ce qui suggère un besoin de diffuser ces informations à la communauté scientifique et d’établir des lignes directrices. L’analyse de 1396 échantillons européens a révélé que la majorité appartenait au type II.
Conclusion : Ce rapport présente les bases de l’harmonisation du typage MS de T. gondii. Il ajoute également des connaissances sur les génotypes du parasite circulant en Europe, en accord avec les précédentes publications.