Anwendung moderner Sequenziermethoden für bakterielle Tierseuchenerreger und Tierkrankheitserreger

Zur Bekämpfung bakterieller Tierseuchen und Krankheiten hat die Genotypisierung der Erreger zum Verständnis von Infektionswegen und zur Aufklärung von Ausbrüchen in den letzten Jahrzehnten immer mehr an Bedeutung gewonnen. Eine detaillierte Beschreibung der Erreger inklusive Bestimmung ihres Virulenzpotentials und der Resistenzen gegen Antibiotika kann für die Wahl der Therapie entscheidende Vorteile bringen. Während traditionelle Methoden, wie z. B. Pulsfeld-Gel-Elektrophorese oder Multilokus-Sequenztypisierung, in der deutschen Veterinärmedizin etabliert sind, wird im internationalen Vergleich aber auch bereits in der Krankenhaushygiene und der Lebensmittelsicherheit vermehrt auf modernste Sequenziermethoden gesetzt. Diese Sequenziermethoden der nächsten Generation (engl. Next-Generation-Sequencing, NGS) erlauben eine höchstmögliche Auflösung zur Genotypisierung und gleichzeitig die Bestimmung aller bekannten genetischen Marker für Virulenz, Resistenz gegen Antibiotika und für mobile genetische Elemente wie z. B. Plasmide. Die sinkenden Kosten für NGS bei gleichzeitigem höchsten Informationsgehalt über die Erreger, werden zukünftig eine breite Anwendung für bakterielle Erreger von Tierseuchen und Tierkrankheiten ermöglichen. Die Eindeutigkeit von DNS-Sequenzen erlaubt den globalen Vergleich erhobener Daten, deren einfache Speicherung in allgemein zugänglichen Datenbanken und den einfachen Abruf zum individuellen Gebrauch. Die Auswertung der Daten setzt allerdings Expertise im Bereich Bioinformatik voraus, um die erhaltenen Ergebnisse im Kontext der tierärztlichen Fragestellungen fallbezogen und korrekt einsetzen zu können. Die Technik per se und ihre mögliche Verwendung im Fachgebiet Öffentliches Veterinärwesen mit Bezug zu bakteriellen Erregern sollen in diesem Beitrag beleuchtet werden.