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Genome assembly and annotation of Meloidogyne enterolobii, an emerging arthenogenetic root-knot nematode

Zugehörigkeit
Université Côte d’Azur, INRAE, CNRS, Institut Sophia Agrobiotech, France
Koutsovoulos, Georgios D.;
Zugehörigkeit
Université Côte d’Azur, INRAE, CNRS, Institut Sophia Agrobiotech, France
Poullet, Marine; Elashry, Abdelnaser;
Zugehörigkeit
Université Côte d’Azur, INRAE, CNRS, Institut Sophia Agrobiotech, France
Kozlowski, Djampa K. L.;
Zugehörigkeit
Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes, INRAE, CNRS, France
Sallet, Erika;
Zugehörigkeit
Université Côte d’Azur, INRAE, CNRS, Institut Sophia Agrobiotech, France
Da Rocha, Martine;
Zugehörigkeit
Université Côte d’Azur, INRAE, CNRS, Institut Sophia Agrobiotech, France
Perfus-Barbeoch, Laetitia;
Zugehörigkeit
Université Côte d’Azur, INRAE, CNRS, Institut Sophia Agrobiotech, France
Martin-Jimenez, Cristina;
Zugehörigkeit
Agroscope, Molecular Diagnostics, Genomics & Bioinformatics, Switzerland
Frey, Juerg Ernst;
Zugehörigkeit
Agroscope, Molecular Diagnostics, Genomics & Bioinformatics, Switzerland
Ahrens, Christian H.;
GND
120454858
Zugehörigkeit
Julius Kühn-Institute (JKI), Institute of Plant Protection in Field Crops and Grassland, Germany
Kiewnick, Sebastian;
Zugehörigkeit
Université Côte d’Azur, INRAE, CNRS, Institut Sophia Agrobiotech, France
Danchin, Etienne G. J.

Root-knot nematodes (genus Meloidogyne) are plant parasites causing huge economic loss in the agricultural industry and affecting severely numerous developing countries. Control methods against these plant pests are sparse, the preferred one being the deployment of plant cultivars bearing resistance genes against Meloidogyne species. However, M. enterolobii is not controlled by the resistance genes deployed in the crop plants cultivated in Europe. The recent identification of this species in Europe is thus a major concern. Here, we sequenced the genome of M. enterolobii using short and long-read technologies. The genome assembly spans 240 Mbp with contig N50 size of 143 kbp, enabling high-quality annotations of 59,773 coding genes, 4,068 non-coding genes, and 10,944 transposable elements (spanning 8.7% of the genome). We validated the genome size by flow cytometry and the structure, quality and completeness by bioinformatics metrics. This ensemble of resources will fuel future projects aiming at pinpointing the genome singularities, the origin, diversity, and adaptive potential of this emerging plant pest.

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